Die Entstehung des Schwarzwälder Kaltbluts (auch Schwarzwälder, Schwarzwälder Fuchs, St. Märgener Fuchs oder Wälderpferd genannt) basiert zum einem auf der bäuerlichen Nutzung im Schwarzwald und der angrenzenden Gebiete. In dieser Peripherie war das Exterieur an die geographischen Gegebenheiten und an die Nutzung des Schwarzwälder Kaltbluts angepasst. Außerdem wirkten durchstreifende Streitmächte in verschiedenen Kriegen sowie entstehende Handelswege und deren Arbeits-, Reit-, und Fahrpferde auf die lokale Züchtung ein. Die Einflüsse der angrenzenden Zuchtgebiete trugen zur genetische Vielfalt innerhalb der Rasse bei. Ein weiterer Punkt der zur Findung des Rassetyps beitrug waren Nutzungs- und Haltungsbedingungen, sowie die örtliche Futtergrundlage und Vegetation. Die Rassebeschreibung dient heute als eine Orientierung zur Beurteilung des Rassetyps. Es herrschte eine große Heterogenität innerhalb der Rasse, da verschiedene Kaltblutrassen und andere Pferderassen mit dem Wälderpferd gekreuzt wurden. Im Jahre 1896 wurde die Schwarzwälder Pferdezuchtgenossenschaft gegründet. Deren Ziel war die Erhaltung und die Weiterentwicklung des Schwarzwälder Kaltbluts. Um die Jahrhundertwende (1900) war die Farbverteilung noch wie folgt: es gab 40% Füchse, 37% Braune, 13% Rappen und 10% Schimmel. Heute sind ca. 1% der Schwarzwälderstuten andersfarbig, die in BW eingetragen sind (ca. 8 Braune-, 1 Schimmelstute). Im Jahre 1947 waren 1234 Zuchtstuten und 47 Deckhengste im Zuchtbuch eingetragen. In den folgenden Jahren ging die Population aufgrund starker Technisierung und Motorisierung rapide zurück. 1973 wurde der Tiefpunkt mit 4 Deckhengsten, 30 Fohlen, und 10 Bedeckungen erreicht. Im Jahr 1977 waren noch 159 Zuchtstuten, die einen sehr hohen Verwandtschaftsgrad aufwiesen, eingetragen.
Die ältesten Hengstlinien sind die M-Linie (Stammhengst Milan *1925 Noriker) und die D-Linie (Stammhengst Deutschritter *1925 Belgier). Durch den Einsatz von Fremdgenen/ Fremdblut entstanden die R-Linie (Reith- Nero *1961 Noriker) und die W-Linie (Wirts- Diamant *1970 Noriker). In weiteren Zuchtversuchen wurden Hengste anderer Rassen eingekreuzt. Nur Söhne mit einem Fremdblutanteil von 12,5 % wurden zur allgemeinen Zucht zugelassen, daraus entstanden die F-Linie (Dayan *1981 Freiberger) und die V-Linie (Varus *1991 Schleswiger Kaltblut).
Zu den Erhaltungs- und Konsolidierungsmaßnahmen gehört ein klar definiertes Zuchtziel und Zuchtprogramm, zielgerichtete Zuchtarbeit durch Reinzucht, staatliche Fördermaßnahmen und -programme, staatliche Hengsthaltung und Hengstfohlenaufzucht des HuL Marbach sowie jährliche Stutenschauen. Nachfolgend sind weitere wichtige Kriterien aufgeführt:
Um die Braunen, Schimmel und Rappen in der Schwarzwälder Kaltblutzucht nachhaltig zu erhalten sind aktive Maßnahmen notwendig. Dieses Bestreben wirkt sich positiv auf die farbgenetische Vielfalt innerhalb der Rasse aus. Die Maßnahmen zur Erhaltung des Schwarzwälder Kaltbluts haben funktioniert, jedoch sind die Braunen, Schimmel und Rappen innerhalb der Rasse massiv vom Aussterben bedroht. Diese über lange Zeiträume entstandene Nutztierrasse ist eine kulturhistorische Leistung und als wertvolles Kulturerbe zu erhalten. Dies umfasst all die Diversität innerhalb der Rasse sowie die geschichtliche Entwicklung.